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得知努尔哈赤被捕，建州乃至辽东诸部皆大为震惊。建州中好战派主张联合蒙古诸部攻打铁岭等明朝边城，虏掠汉民，制造混乱，逼迫朝廷放人。但更多还是看得清形势，认为当前群龙无首，冒然出兵无异于以卵击石，当务之急是先选出新的首领，避免部众分裂。
对此，大部分重臣认为元妃两子皆被扣押，当拥立继妃之子莽古尔泰暂执国政，少部分大臣主张拥立六子黄台吉，两派争吵不休，内部分裂之势已见端倪。就在此时，努尔哈赤胞弟舒尔哈齐也来插上一脚，他以明朝去年已封其为建州右卫指挥使为由，要求接管建州女真。
他的要求直接遭到两派的明确反对，重臣何和礼、扈尔汉、扬古利等抢先拥立莽古尔泰，支持黄台吉的大臣一度计划发动政变，但被黄台吉制止，后者最终决定率部出走，建州内部一时间士气低落、人心惶惶。
事情并未就此结束。舒尔哈齐得次子阿敏接应，联合海西女真乌拉部、叶赫部（海西四部其余两部被灭），野人女真虎尔哈部、瓦尔喀部、窝集部，对莽古尔泰发起进攻，何和礼等重臣战死，莽古尔泰逃往旧都虎拦哈达。
不久后，舒尔哈齐再次发起进攻，扈尔汉战死，莽古尔泰率残部向明廷请求内附，但此时李成梁已被袁可立替换，后者出于进一步造成女真内讧的目的，拒绝接纳。
莽古尔泰走投无路，于万历三十七年（1609年）被舒尔哈齐俘获后押送回赫图阿拉斩首，扬古利等投奔黄台吉，后者倒也不计前嫌予以接纳。
按照约定，舒尔哈齐向海西女真、野人女真归还大片领地。同年七月，明廷为努尔哈赤拟定僭越称制（此前努尔哈赤曾自称“女直国建州卫管束夷人之主”、再称“建州等处地方国王”、再到喀尔喀诸部上尊号“昆都伦汗”，尊称“神武皇帝”）、屠杀汉民、擅自开矿等八大罪，将其与次子代善、一众随行人员一并斩首于顺天。
但万历皇帝却对褚英法外开恩，不仅赦免其罪，还封其为建州左卫指挥使（努尔哈赤旧职）、都督佥事，令其回建州收拾部众为朝廷所用。这样做，一方面是因为褚英颇为忠诚，对努尔哈赤早前多有劝谏，父子也因此关系不睦；另一方面，当然是继续挑拨建州内讧。
十一月，褚英抵达毛怜卫，收集部众万余，意图联合黄台吉攻打舒尔哈赤，但扬古利等努尔哈赤旧臣本就与褚英有隙，唆使黄台吉拒绝，并尝试与明廷联系坐收渔利。
万历三十八年（1610年）三月，舒尔哈齐重兵围剿毛怜卫，褚英奋力抵抗但最终被杀，建州反抗势力仅剩黄台吉。
四月，明廷封黄台吉为建州卫都指挥使，以舒尔哈齐擅杀褚英为由，号令黄台吉部，海西、野人女真，内喀尔喀五部，日本、朝鲜出兵围剿，史称“万历犁庭”。
舒尔哈齐虽有几次小胜，但因内乱猛将损失殆尽，最终寡不敌众，先败于萨尔浒，再败于赫图阿拉，逃亡途中被联军追上并斩杀。联军将其麾下诸城付之一炬，其地划归抚顺管辖。
黄台吉因助剿有功，被封为建州左卫指挥使、右都督，但被要求将部众迁往铁岭边墙北侧一处平原居住并收缴武器，便于明廷监控。不少重臣、部众因不甘臣服而四散，其手下部众仅剩千余人，已无法对明朝造成威胁。
此后十数年，明廷在辽东逐步推行府县制代替卫所制，先后设置辽阳、沈阳、广宁、铁岭、抚顺、通化、建州、黄龙、敦化、福山等府县。
夺取辽河河套后，于辽东设立辽宁承宣布政使司，布政使司衙门驻沈阳府；
于海西、野人女真，内喀尔喀五部设开元承宣布政使司（源自元辽阳行省开元路），布政使司衙门驻黄龙府；
于北山女真、苦兀、乞列迷等族聚集地重设奴儿干都司，泰昌年间改设黑水承宣布政使司（源自唐朝黑水都督府），布政使司衙门驻永宁府。
州县制的基础是大量的人口，为此，明廷任命左光斗负责屯田事务，鼓励军民屯垦，将南方良种水稻引入北方，招募南方农民到北方传授水稻种植技术，大大促进了关外农业发展。山西、陕西、山东等地的农民先后迁往东北，提高了人口比例，带动了当地部族改变生产方式，由传统的渔猎转向农耕，维护了社会稳定。
当然，对于东北复杂的形势，明廷并未强制推进府县制“一刀切”，而是对女真、蒙古中强势诸部实行土官制代替卫所制，在满足其独立性的同时，逐渐减少其军事性和战斗力。
如势力较强的叶赫、窝集、乌济叶特部首领，分别被授予坊州、东宁、泰宁土知府，划归开元承宣布政使司管辖；黄台吉被授予建州宣慰使，归辽宁承宣布政使司管辖（后因意图谋反被杀，建州被并入抚顺府）。
其他部族也根据势力大小授予土同知、土通判、土知县等职务，这些土官的势力范围与各直属府县犬牙交错，并设榷场于其间，互相牵制又相互依存，从制度上稳定了东北的局势。
对于察哈尔、土默特、科尔沁等独立性较强的势力，明廷则先是杀鸡儆猴，对早先与努尔哈赤结盟的科尔沁部发动攻击，其残余亲明朝势力首领被授予崇义公、辽西宣慰使。对于土默特部，仍册封其首领（即俺答汗后裔）为顺义王，准设马市。
万历四十三年（1615年），号称蒙古嫡系的察哈尔部，在其首领呼图克图汗（孛儿只斤·林丹巴图尔）率领下劫掠土默特部，明廷令其退兵不得，遂组织联军左右夹击察哈尔部。
经过连年激战，最终于万历四十七年（1619年）攻破其王城察罕浩特，呼图克图汗本想出逃漠北，却为科尔沁部所阻，无奈投降，自去汗号，献出传国玉玺（后经证为伪）。
明廷册封其为归义王，位居顺义王之下，废察罕浩特，令其迁居广宁，部众被编为二卫八所，纳入大宁都司（后改为大宁承宣布政使司）管辖，名义上仍属归义王麾下，实则由明廷任命亲明部族首领担任指挥使。次年七月，为土默特部仇家刺杀于广宁归义王府外，年仅二十八岁，无嗣，顺义王爵位废除。