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此时的洛杉矶，联军为了尽早赶到西雅图。将在战斗中被损毁的洛杉矶机场进行了简单的修复后。美国空军的10多架重型运输机c17随后降落到了机场上，联军在得到了大量补给后，部队开始向西雅图进发了。
不过由于洛杉矶城内还有对方的少量残兵，所以谭雅和她的海豹小队，在热心的Westwood之星，蓝波，魔鬼终结者阿诺的帮助下开始进行清理作战。而鲍里斯大叔则自愿留下来帮助美军尽行肃清作战，倒是赢得到了谭雅的不少好感。
此时的西雅图，尤里部队威胁将使用核弹摧毁这座城市，试图向该城市的巨软公司Bing总裁勒索数百亿赎金和专业技术。不过由于美军的一支部队已经控制了部分城区，所以计划进行的并不是很顺利。核弹一旦启动极有可能被发现，从而遭到先发制人的打击，所以勒索的赎金计划暂时被搁置了。
而尤里转而开始利用占领巨软工业园的优势，强迫Bing总裁和他的巨软公司被迫为心灵控制器编写控制软件，以强化自身实力。此时美军赶来的部队并不是尤里部队的对手，几次交手的损失惨重。特别是步兵受到病毒狙击手的狙杀损失惨重使得士气大跌！双方对峙数日，不过随着美军的补给线遭到对方突袭得手，情况变得对美军十分不利。
还好此时赶路的联军在挫败了几次尤里军队的埋伏后，终于赶到了西雅图。并且部队还带来了拆解后的大杀器天气控制器赶来，虽然组装工作花了一整天时间，不过物有所值，它的威力还是相当强大的。联合部队收拢了城外被打残的美军后，开始对城内进行了几次试探性攻击。
不过部队很快就受到了病毒阻击手的埋伏，虽然做了一定的防备。不过还是出现了不少伤亡。此时的尤里害怕计划失败，最终还是率先发动了核弹攻击，不过由于过早的暴漏了武器位置。迅速的被盟军间谍卫星锁定了目标。最终在导弹即将点火的瞬间遭到了闪电风暴的突袭。虽然没有彻底摧毁核弹发射井，不过却成功的破坏的发射装置和电力设备。核弹被迫停止了发射倒计时。至于是否能够修复，恐怕看那破坏的程度，少说也要一周时间能修好吧！
此时身在南极的尤里，十分痛恨美军的间谍卫星系统。两次都是那东西坏了自己的好事情，可是又十分的无奈。自己现在确实没有实力摧毁那套系统，看起来要加快计划进度了。叹了口气后，又继续指挥部队进行作战部署。
此时的西雅图，联军调动了10多辆战斗要塞，并且在里面搭载了许多阻击手，而装甲部队和步兵部队在紧跟其后。开始向城内的尤里基地进行推进，由于有强大的装甲防护所以在这次的对狙战中，联军明显占了优势，部队很快就推进到了巨软工业园附近。不过此时后方基地却被对方突袭的求救信号，于是李明不得不派出部分部队进行回援。
而城内的战斗也开始进入白热化阶段，对方的部队几乎在联军所经过的每栋大楼都设有防御，大量的步兵驻守在其中。部队不得不分派人员进行争夺，而对方的装甲部队也借机发动攻击突袭，一时间战斗陷入了僵局。
而后方的战斗在李明的部队赶到后，也很快击溃了敌军的攻击部队。不过李明却感觉这完全的不合理，对方费这么大的劲难道只不过是为了拖延时间，可是拖延的目的到底是为了什么呢？正在李明猜测对方的真实意图的时候。
美军的间谍卫星给出了答案，对方正试图将核弹的弹头拆下来。恐怕对方在考虑其他的引爆方式。为此李明只好分出了一部分军队对核弹基地发动了强攻。不过让他没想到的是自己偷鸡不成蚀把米，反倒被对方给算计了。自己的部队刚完成包围，对方的核弹就被远程引爆了，结果可想而知。还好自己没有亲自去，以那种爆炸强度，在强的防护也要扛不住。
让人没想到的是对方居然牺牲了一千多人的防御部队和工作人员，只为了消耗自己的作战力量，只能说尤里部队的那些防御人员悲哀。如此大的鱼饵，谁又能不上钩呢？
由于核弹基地的位置距离市中心比较远，所以爆炸并没有影响市中心双方的激战。不过派去的部队基本就有去无回了。使得自己手中的力量顿时减少了三分之一。而此时城市终于完全被维拉迪摩将军所率领的苏军部队封锁了起来，联军除了主力部队在全面进攻巨软工业园外，其它部队迅速抢占了城市各个重要部门，很快机场，电视塔，电厂，政府机关等设施相继被占领。
而对方的几处重要基地，也在美军卡维尔将军所指挥的幻影和光凌坦克部队的配合下相继失陷。而苏军的包围部队也击退了对方的数次突击。李明在城外的部队也在解决了麻烦后再次投入了战斗，而巨软工业园在经过了3天的反复争夺后，终于宣告解放。
不过当联军冲进园内后，发现大量科技人员已经被对方屠杀殆尽，只有少数看事情不妙，提前躲起来的员工幸免遇难。至于对方是否得到了他们想要的技术，那就只有天知道了。
而企业的总裁Bing却在这次大屠杀中居然奇迹的幸存了，实在是让人费解。后来在美军的情报部门的调查下才得知，这位总裁为了活命居然真的将数百亿打到了尤里在瑞士的指定账号内。而当闻讯赶到的欧洲情报人员前去调查时，这些钱已经不知道被转到了哪里。如果要进行追查的话，最快也要3天时间才能找到。恐怕到时候钱早就被提走不知道花到哪里去了。
城内的战斗还在持续着，扫清残敌的战斗一直持续了数天才宣告结束。在这场巷战中，联军的狙击手和尤里的病毒狙击手在城中猫捉耗子似的生死相斗，不过在联军在得到了大量重武器和空军的支援下，很快就将对方消灭殆尽。特别是强大的战斗要塞起到了十分重要的作用，不但为阻击手提供了掩护，而且强大的火力完全压制了对方。对方根本就没有还手的机会。
而对方的装甲部队更是完全不是联军的对手，战斗结束后。整个城市到处都是双方战斗时留下的痕迹，整个城市遭到了十分严重的破坏。在士兵们焚烧掩埋对方尸体时，终于发现了一些不寻常的地方。
而此时全国各地也有许多部队发现异常，情报被迅速的汇总到了杜根总统所在的华盛顿。美军的科研部门很快对全国送来的尸体进行了分析。结果发现了尤里部队的惊人秘密！对方虽然做出了很大的掩饰，不过在DNA的面前一切的掩饰都毫无作用。对方所使用的正是苏联被盗取的科技复制人技术，也就是俗称的克隆技术。而这些士兵是由数万个不同人类基因组成的。为了防止被发现，对方在制造的时候还随机生成了面部特征。
可惜只能说对方百密一疏，偏偏有一批克隆人由于前线吃紧，所以直接制造了出来。结果在战场上偏偏就撞了车，毕竟两个一模一样的可以说是意外的小概率事件，可是偏偏有10多个人的外貌和你长的一样敌人尸体摆在你的面前，你还会淡定了吗！
寻找尤里复制人工厂的行动也在各国展开了，不过此时爱因斯坦得知美国地区的尤里部队已经基本被消灭干净后，火急火燎的决定乘坐最近的民航班机返回德国继续他的科学研究，卡维尔将军试图挽留，不过爱因斯坦还是乘坐飞机返回了国内。
而爱因斯坦博士还拒绝了杜根总统的好意没有同意保镖随行，飞机在当天下午起飞了。
而苏联的援军和李明的部队也赶回了旧金山，准备坐船返回夏威夷的珍珠港基地。
而旧金山的那台时间机器却不知道发生了什么，居然在赶回来的当天就发生了一场爆炸，造成了三国数名防守人员伤亡。当然了此时的李峰已经将时间机器的资料全部搞到了手，正在对制造出来的超时空传送仪进行改造。
至于那场爆炸当然被嫁祸到了尤里余孽的手中了，不过让美军百思不得其解的是，在如此严密的防御下。对方是如何潜入和摧毁的呢?
李峰在这次大战之前，就已经吩咐李明特意留下那些在指挥系统带标记的坦克，因为其内部装备了大量的隐形蜘蛛间谍机器人{体型只有2厘米左右，而且装备了激光切割器，和隐形消音装置等}。
趁着夜色潜进了时间机器内，当资料被全部搞定后。为了防止留下证据，所以除了下载资料的蜘蛛返回了坦克外，其余的机器人引爆了体内自动销毁的炸弹，而将近1000多个机械蜘蛛的破坏力是相当惊人的。而仪器内的监控设备一开始就被机械蜘蛛所破坏，所以行动进行的十分顺利。
甚至美军的谭雅在勘察现场后也没有看出丝毫破绽，只能被归类为尤里完美的袭击。因为在爆炸现场发现了一具残缺的手臂被证明是尤里克隆人的。当然没人会想到这条手臂是战斗机器人趁着黑天爆炸的时候撇进去的.......。
当李明的机械兵团和苏军正在登船的时候，爱因斯坦的飞机出事了。飞机被不明武装分子劫持了，而目的地居然是埃及！看起来事情变得越来越有意思了，对方劫持爱因斯坦博士究竟是要做什么呢？