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王朝更迭之际，散处在各地的宣教士，由于环境不同，对当时的政局变动各自作出了不同的反应。如意大利人艾儒略、阳玛诺，在福建延平艰苦地著书、传教；在南京的毕方济则充当了明福王的使臣，前往澳门向葡萄牙人搬救兵，后毕方济一直活跃在南明各政权当中；在成都的利思类、安文思，则当上了大西国皇帝张献忠的“天学国师”。
当时汤若望和龙华民都留在北京宣武门的教堂内，本来清军下令内城居民一律限三日搬出，以便让八旗兵民居住。汤若望上奏清廷，请求准许留住城内。出乎意料的是奏折递上去第二天就得到摄政王多尔衮的批复，准许他们安居天主堂，不许各旗兵弁滋扰。不久，汤若望被召入朝，多尔衮询问重修历法之事，任命他为钦天监监正。顺治二年（1645）启用新历，颁行天下。因治历有功，次年汤若望被加太常寺少卿衔，并获赐宣武门内天主堂侧空地一块，由孝庄文皇太后率亲王官绅出资，重建教堂。
顺治亲政后，与汤若望关系甚密，赐号“通玄教师”，为教堂书匾“通玄佳境”，并亲撰《御制天主堂碑记》，褒奖汤若望治历之功，赞扬其信仰。为了表示尊敬，顺治帝称汤若望为“玛法”，是满语中对长辈的尊称。又准他每日随意出入朝中，凡有启奏，可以径直进入内廷，不循常例。不过汤若望每次苦劝顺治信教，都没有结果。
顺治年间（1644—1661）天主教在华宣教取得巨大果效，据1664年统计，当时耶稣会已在中国直隶（今河北）、山东、山西、陕西、河南、四川、湖广（今湖南、湖北）、江西、福建、浙江、江南（今江苏）11省传教建堂，共有教徒114200人。
一、 历法之争
1662年，顺治去世，年仅8岁的玄烨即位，年号康熙。国家政务由索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜4个辅政大臣掌管。其中鳌拜专权，扶植亲信，打击异己，飞扬跋扈，不可一世。早在顺治末年，官生杨光先就曾上书，指责汤若望等造历谬误，未得理睬。现在他看准鳌拜被喜欢宣教士，再次发难，更加激烈地对汤若望等西方宣教士进行全面攻击，指责《时宪历》敢用“依西洋新法”五字，是暗窃正朔以尊西洋，“明示天下以大清奉西洋正朔”。另外，汤若望将大清历书只编至二百年，意思是要大清王朝短命而亡。杨光先攻击宣教士图谋颠覆清朝，以修历为名，阴行邪教，窥探朝廷机密，屯兵澳门，接渡海上往来。因此要求将汤若望等正法。这番蛊惑人心、耸人听闻的煽动，果然引起了清廷的疑虑，社会上儒家、佛家等仇视天主教的也群起附和。于是，1664年辅政大臣下令逮捕汤若望，当时汤若望已73岁高龄，又患中风，四肢瘫痪，口齿不清，受审时只好由其助手南怀仁代为申辩。一时冤狱大兴，南怀仁、利类思、安文思及各省宣教士纷纷被捕。当年秋、冬，吏部、礼部进行调查审讯，清廷也派人到广东查核，并未查实。但结果仍是杨光先胜诉，将汤若望判处凌迟，其他人分别斩首流徒。恰逢北京发生强烈地震，京师人心恐慌，以为狱讼不公，天象示警。康熙帝的祖母孝庄文太皇太后出面干预，辅政大臣将汤若望案件奏请太皇太后定夺，太皇太后阅奏后大为不悦，将奏折扔在地上。斥责辅政大臣，下令释放。宣教士们幸免于难，但支持新历的5名中国官员（均为天主教徒）仍被处决，一些信教官员被革职。
恶意排斥西法的杨光先虽然取得了胜利，但他接任钦天监正，实在是用人不当，因为他的历算知识甚为有限，监内工作一片混乱，屡次错测节气时日，错报日月食的时间。所用《大统历》、《回回历》都是过时历法，须作根本改订。杨光先自知力难胜任，再三要求辞职，但未获准许。
1668年，14岁的康熙帝与鳌拜的矛盾日益尖锐，在历法这一敏感问题上首先表现出来。当时钦天监的错误已闹得满城风雨，而鳌拜仍极力回护。康熙召集杨光先、南怀仁一起讨论天文历法。命大学士和他们一起到观象台，预推正午日影所止之处，经过3天实地测验，南怀仁推测无误，杨光先等都有误差。康熙命南怀仁审查杨光先所订历书，结果错误百出。为了进一步验证，康熙又安排了立春、雨水两个节气以及月亮、火星、木星运行的五项测验，令大臣们共同观察，结果南怀仁所言逐款皆符，而杨光先逐款不合。西洋历法以实际测算的准确性取得胜利，杨光先被革职，他还喋喋不休地抗辩，被康熙斥骂了一顿，逐回原籍，中途病死。1669年康熙亲政，为汤若望平反，亲撰祭文并参加葬礼。
历法之争最后告终，南怀仁接任钦天监正，此后，许多宣教士在他的推荐下来到北京，在清廷供职。他们有的从事天文历法，改造北京观象台，制作天文仪器；有的出入宫廷，充当皇家教师，给康熙讲授数学、天文、物理知识；有的从事音乐、绘画、雕刻；有的在造办处，指导工人制作自鸣钟和其它机械；还有的协助清政府制作全国地图，在各省实地测绘，准确地完成了著名的《皇舆全览图》。
随着汤若望冤狱的兴起，全国范围内展开针对宣教士的大搜捕，信徒的宗教活动亦被禁止。汤若望被平反后，被捕的二十余位宣教士仍被关押在广东，各省仍禁止天主教活动。于是，在京神父们采取了一项大胆的行动，决意辞去历官职务。康熙知道他们的用意，便派国舅佟国纲慰留，并且告诉他们姑且忍耐等待，因为朝中尚有许多反教的人，骤弛禁教令恐有不妥。神父们因而知道皇帝并无仇教之意，便达致谅解。
直到1670年，康熙才颁布开释宣教士的上谕，一方面准许广州25位教士各归本堂，一方面不准添立教堂，也不准中国人入教。虽有诸多限制，但宣教工作终归又可以合法展开。康熙帝对南怀仁十分信任、友好和尊敬，且对其他宣教士也十分友好和宽容，历次南巡，所到之处，经常召见宣教士，询问他们的生活与工作。1693年，康熙患疟疾，太医久治不愈，宣教士张诚送上南洋带来的奎宁，一服而愈。为表谢意，康熙赐地建堂，名“救世主堂”，即今北堂前身。宣教工作在康熙朝前40年，取得较大进展。
二、 礼仪之争
正当在华宣教事业进展顺利之时，教会内部却因礼仪问题发生争执，史称“礼仪之争”。
《新天主教百科全书》给“中国礼仪之争”的定义有三方面的内容：一是士人祀孔；二是家人祭祖；三是中西文中间有关基督教上帝的语义和语源学的争议，称“译名之争”。“译名之争”最早发生在耶稣会士之间。简单地说，就是在中文中如何正确地选用适当词汇来翻译神的名。是用“天”、“上帝”，还是用“天主”。在华的几十个传教士之间有不同的看法，展开了神学讨论。时至17世纪30年代，“中国礼仪之争”扩大到天主教内部。关键问题仍然是：按天主教教义来看，在中国士大夫和民间流行的“祭孔祀天”礼仪是否属于异端？教会能否对已经皈依天主教，并参加教堂生活的中国教徒的祭祖习惯加以容忍？
这场争论在中国和欧洲逐渐涉及不同态度的四方人员：1、为中国礼仪抗辩的耶稣会士，以及由他们带领的中国信徒；2、强烈反对耶稣会的其他修会，包括多明我会、方济各会、奥古斯丁会、巴黎外方传教会；3、对在华各派传教士的纠纷难下判断，而又必须做出裁决的罗马教廷；4、因外国教士和教皇干涉中国事务而终致恼怒的康熙皇帝。
这场争论的后果是极不痛快的，争论中任何一方都未在随后发生的事件中获得什么。相反，各个修会都被中国皇帝逐出境外，罗马教廷几乎丧失了经历150年艰辛开辟得来的中国教会。而所有对西方文明有兴趣的中国人，从皇帝到士大夫及基督徒，也失去了接触西方文明的机会。
“中国礼仪之争”正式爆发首先是在福建。由于主持当地教会的耶稣会士艾儒略全面继承了利玛窦的传教路线，被当地教内外绅民誉为“西来孔子”。他对中国文化采取了十分开明的做法，包括允许教徒们进祠堂、入孔庙。各地的中国信徒仍然保持着利玛窦时期的旧习惯。这种宽容做法引起方济各会的反对。1633年，方济各会士李安堂到达福建宣教，他对耶稣会神父们居然容忍教民奉行异端大感震惊，便联合多明我会反对耶稣会的做法。
多明我会在欧洲是神学权威，长期以来，他们主持教廷的宗教裁判所，对裁判异端特别有发言权。但是多明我会对中国文化问题缺乏内在的观察，也没有儒家士大夫作朋友，且宣教重点在南洋群岛，台湾、福建是他们的延伸部分，在中国内地也没有宣教士。上述这些对他们的影响是双重的：一方面是对中国的文字传统缺乏了解；另一方面是对福建地区格外严重的迷信活动感触尤深。
宗教裁判所里的多明我会神学家们很少来过中国，他们对中国礼仪问题的看法基本上是在欧洲形成的。当时欧洲人对中国文化的认识，基本上源于《利玛窦中国札记》和另一本西班牙人拉达写的《菲律宾群岛的征服·记大明的中国事情》来了解。前者代表耶稣会的观点，赞同儒家礼仪。拉达是奥古斯丁会修士，到过福建，对中国礼仪大惊小怪，他的描写对当时固执己见的欧洲人是触目惊心的。多明我会开始发动礼仪之争时，焦点正是集中在拉达最初提到的偶像问题上。他们坚持问：中国人在祭奠先人时，为什么要把三杯酒中的第一杯酒洒在地上？为什么会相信人死后，灵魂会在天上、地下和牌位之间来来去去？为什么中国人见到什么神的牌位就跪拜下去？按基督教神学观念，这些确实不合教义。耶稣会很难回答。
争论开始只局限在远东进行，在福州、广州、马尼拉，在耶稣会表示不合作之后，马尼拉主教决定把矛盾上交到罗马。1645年，教廷的宗教裁判所的神学家根据在闽宣教的多明我会莫若翰的一面之辞，作出了有利于西班牙会士的决定。这份被认为是罗马教廷关于“中国礼仪之争”的首号文件，对耶稣会极为不利，且没有妥协余地。但根据现存的中西文献看，它在中国内地没有马上产生很大影响。显然当时中国正处于战争状态。
1654年，耶稣会士卫匡国为“中国礼仪之争”专程赴罗马申辩，他解释说，中国人的祭祀只是一种社会性的礼节，而不是宗教迷信。据此，教皇亚力山大七世于1656年作出决定：如果中国礼仪的问题如卫匡国所说，中国信徒可以行祭祀之礼。这是“中国礼仪之争”的二号文件，它完全倾向于耶稣会。
1659年，罗马传信部给三位在中国的巴黎外方传教会士发了一个不寻常的指示：“不要试图去说服中国人改变他们的礼仪、他们的风俗、他们的思维方式，因为这些并不公开地反对宗教和良善的道德。还有比把法国、西班牙、意大利，或者任何其他欧洲国家，出口到中国去更傻的事情吗？不是要出口这些欧洲国家，而是要出口这信仰。这信仰并不和任何种族的礼仪习俗相矛盾冲突。”
这种明白无误的语言代表了十分开明的态度，这本可以使中国礼仪之争早早结束，也可以使以后更多的中西文化冲突得到避免。可惜事实并不如此。同年，当已成为济南主教的李安堂路过杭州时，卫匡国将上述意见和罗马教谕转达给他，这大大激怒了他。他从耶稣会士汪儒望处获知了几十年前耶稣会内部对中国礼仪问题的争论内幕，还看到了龙华民留下的反对中国礼仪的文件。这使得李神父信心大增，派出一位方济各会修士去欧洲告状。
其间（1664—1670），在北京闹出历狱，大部分宣教士被驱逐到广州，这23位神父（3位多明我会士，1位方济各会士，余皆耶稣会士）在广州耶稣会院里召开传教史上著名的“广州会议”，他们在40天的会议中（1667年12月18日—1668年1月26日），对近百年的中国传教活动进行全面总结，中国礼仪问题成为激烈争论的焦点。最后以表决形式通过议案，大家在中国礼仪问题上继续持妥协态度。1656年教皇亚力山大七世所作决定得到执行。
然而，签了字的多明我会修士回到欧洲后，出版了《中国的传统历史、政治与宗教》，继续判定中国礼仪为异端，在西方引起极大反响，得到虔诚信徒的支持，使罗马又一次面对两难境地。
在此关键时刻，中国又来了一批法国巴黎外方传教会和教廷直属传信会的教士，其中就有使得中国礼仪之争激化得不可收拾的法国巴黎大学神学博士阎当主教。1693年，在福建的阎当主教发出命令，要求在他的教区内严禁中国礼仪，且要摘去各地教堂中仿制的康熙帝赐给汤若望的“敬天”大匾。此外，阎当还发动了欧洲的神学家来支持他。1700年，经过30次讨论，巴黎大学神学院定中国礼仪为异端。当时巴黎大学正在和耶稣会展开论战，教皇虽然没有马上支持巴黎大学神学院的判断，但也不得不引起重视。因各方压力太大，1704年，教皇克莱芒十一世主持全面讨论了阎当提出来的非议，结果断然决定禁止中国礼仪。教皇特使铎罗主教于次年抵达澳门，至此中国礼仪之争越出了神学讨论的范围，甚至也不全是文化冲突，而是转化成以罗马教皇和中国皇帝为代表的教会权力和政治利益的冲突。
三、 禁教政策
康熙开始并不想排教，只是想用自己的权威保全中国礼仪和天子的体面。他酝酿的重大计划是将有100多年历史的中国天主教会收为国有。办法是让所有在华的宣教士效忠自己，脱离与罗马梵蒂冈的联系。他准备自己做在华天主教的庇护者。凡愿继续在华的教士必须表明遵守中国礼仪，领得印票才准传教。票上写：“西洋某国人，年若干，在某会，来中国若干年，永不回复西洋，已经来京朝觐陛见。为此给票。”由内务府发放，表示康熙视其为家臣。永不回西洋，类似现代意义的入中国国籍。
康熙对不愿具结的传教士采取了非常严厉的措施，下令将他们驱逐到澳门。在清朝皇帝中，康熙是最开放、最有西学兴趣的。就个人而言，他真诚地喜欢天主教传教士带来的学术和思想，甚至经常把天主教教理挂在嘴上，写在诗文里，因此他设法不使冲突激化。但是皇帝个人的学问、思想和信仰上的嗜好，也必须服从王朝的总体利益和形象。祭天、祀孔、法祖，事关中国的国本、教化人民的传统，他不能做出让步。
克莱芒十一世在1715年3月再次发布了严厉的禁令，这道禁令被称为《自那一天》，因为禁令的第一句话是“自那一天”。禁令要求世界各地所有的中国礼仪之争，都应该按本规定彻底结束。在内容上，此禁令除了重复1704年以来的严厉态度，还增加了一项宣誓内容，要求所有在中国的宣教士和将要访问中国的人，都签署一份誓言。誓言的正本或被认可的副本，必须交到宗教裁判所，否则不能在中国担任听告解、布道或主持弥撒的工作。
康熙读到《自那一天》后，批道：“览此告示，只可说得西洋人等小人，如何言得中国之大理。况西洋人等，无一通汉书者。说言议论，令人可笑者多。今见来臣告示，竟是和尚道士、异端小教相同。似此乱言者，莫过如此。此后不必西洋人在中国传教，禁止可也，免得多事。”
康熙之后，雍正、乾隆两朝都对天主教采取了严厉的查禁政策，且一直持续到鸦片战争前。天主教的宣教工作从此暂时转入地下，但从未中断过。