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这个时候郑芝龙手下依然还拥有千余艘各种战船，军队十余万人，大体都驻扎在泉州府的沿海地区以及一些岛屿上。
尽管己经放弃了福建的绝大多数土地，但对郑芝龙来说，并不算什么，因为郑芝龙的事业一向都是在海上，而不是陆地。一但清军真的进攻泉州，郑芝龙也不打算和清军硬拼，而且泛舟海上，暂避清军的锋芒，等清军撤军之后，再复归陆地。或者是转到广东一带去发展，反正在东南沿海一带的岛屿众多，想找一个安身之地并不难，而清军没有水军，对他也奈何不得。
正是由于这些情况，清军对郑芝龙依然不敢小视，因为水军仍然是清军最薄弱的一环，因此洪承畴和勒克徳浑商议之后，立刻下令各路清军都退后三十里，以表示清廷并不打算与郑芝龙为敌，而洪承畴又给郑芝龙写了一封亲笔信，道：“吾所以重将军者，以将军能立唐王藩也。人臣事主，苟有可为，必竭其力。力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅主，吾何用将军哉？且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。”
收到了洪承畴的这封信，郑芝龙异常高兴，割据广东、福建自立，正是郑芝龙希望得到的结果，同时他也相信自己的海上实力作为后盾，就算是改朝换代，自己依然能够屹立不倒。不过因为之前收到商毅的来信，使郑芝龙并不能完全相信清廷，因此一面写信给洪承畴，表示自己情愿归顺清廷，但又列举种种理由，不肯离开泉州，同时又在信中提到，洪承畴的母亲正在泉州驻住，自己对其十分厚待等等。
洪承畴等人也知道郑芝龙还心存疑虑，不敢轻易到福州来，因此也在商议，如何才能把郑芝龙诱到福州来。就在这时，清军第三次进攻湖北惨遭失利的消息，也从南京传到福州。..
洪承畴、勒克德浑、觉罗巴哈纳等人闻迅之后，也都无不震惊。甴其是洪承畴，几乎都难以相信，自己在离开南京时制定好的三路进击，分进合围，出动了近七万大军，自觉得是万无一失了，居然还被商家军给打败了。因此洪承畴也感到，必须要尽快结束福建的事情，自己才好赶回南京，主持对湖北用兵的大局。
但想要尽快结束福建的事情，就必须打消郑芝龙对清军的疑虑，因此洪承畴决定冒险一试，亲身到泉州去面见郑芝龙。只有这样才能彻底打消郑芝龙的疑心，达到诱其到福州来的目地。
当然洪承畴的这一举动也是经过了深思熟虑，并非一时冲动，因为现在的情况，几乎可以肯定郑芝龙是有意降清，只不过是心存疑惑，这样的想法，换了任何人也都会有，因此洪承畴虽然只身去泉州，实际的危险性并不大。而另一个证明就是，洪承畴的老母，亲属依然被郑芝龙奉养在泉州，这也说明，郑芝龙并不打算和清廷撕破睑，依然留有余他。
果然洪承畴到达泉州之后，郑芝龙也是兴奋异常，这几天以来，郑芝龙心里也十分紧张，因为他也担心自己的行为惹得清廷不满，从而彻底断绝了和自己的谈判，而且在郑氏一族內部，对于郑芝龙的降清打算，虽然有些人赞同，但也有许多人反对，郑成功就曾对郑芝龙多次苦劝，还有郑鸿逵、郑彩等人，也都认为以郑氏现在的实力，完全可以扬威海上，无人可敌，何必非要向清廷讫降呢？
而现在洪承畴只身来到泉州，也让郑芝龙完全确信，清廷确实是真心和自己谈判的，自然也就大为安心，并且在泉州盛情招待洪承畴一行，同时也让洪承畴一家团聚。而且知道洪承畴回家拜见母亲时，遭到洪母的申诉打骂，责其降清之举，有辱门庭，郑芝龙还亲自登门为洪承畴分辩说情。洪承畴也感动得当场落泪，对郑芝龙连连拜谢。
就这样洪承畴在泉州住了三天，并且和郑芝龙达成了降清的种种条件，郑芝龙向清廷投降称臣，清廷封郑芝龙为广福总督，驻守广东、福建之地。而郑芝龙也必须听从淸廷调遣，帮助清廷平定南方各地，由其是在淸军对浙江用兵的时候，郑芝龙要从海上出兵，配合清军的进攻，当然还必须剃发。
洪承畴开出的这些条件也都非常合理，郑芝龙并不觉得意外，相反如果洪承畴什么条件都不提，只是全部答应郑芝龙的要求，郑芝龙反而会觉得不对劲，而剃不剃发对郑芝龙来说，并无所谓，致于以后帮清军征战的事情，也可以在见机行事。因此也满口答应下来。
随后洪承畴才向郑芝龙提出，让郑芝龙和自己一起去福州，办理正式的降清手续。同时清军也将退出福建，将地方都移交给郑芝龙管理。
既然双方己经谈到了这一步，励么于情于理郑芝龙也都应该到福州去一趟，而且这时的郑芝龙己经完全相信洪承畴，完全相信了清廷，因此也欣然同意前进。
而这时驻守在金门岛的郑成功已经收到商毅的信，听说父亲要亲自去福州和清军商谈投降的事宜，也亲自赶回到泉州，跪地大哭，力劝父亲道：“虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”
但郑芝龙这时己经什么都听不进去了，执意要亲赴福州商谈降清的事宜，同时还准备带郑成功和自己一起去福州，也表示自己降清的诚意。
郑成功见劝不动父亲，又想起商毅信中所说的话，于是连夜返回金门，静观事态的变化。并给郑芝龙留下一封书信道：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
第二天郑芝龙不见了郑成功，看到了书信，也不由大骂郑成功是个逆子，满纸狂悖之言，但这时郑成功己经返回金门，郑芝龙只得带着幼子郑渡，五百士兵，和洪承畴一起出发，前往福州。
到了福州之后，一开始勒克德浑还对郑芝龙盛情招待，与郑芝龙折箭立誓。郑芝龙还以为得计，也完全放下心来。连带来的五百士兵也都遣散。
那知就在第三天夜里，勒克德浑突然宣布拔营返回北京，同时命令郑芝龙随军北上。郑芝龙大吃一惊，这才知道自已中计，但这时己被困福州身边只有十几名从人，根本就无力反抗，尽管郑芝龙不甘心束手就擒，最后还努力一把，对勒克德浑道：“北上面君，本芝龙本愿，但子弟多不肖，今拥兵海上，倘有不测，奈何？”还想借自己的兵力威胁一下勒克德浑，作最一搏。
但清军对此早有定计，勒克德浑的回答是：“此与尔无关，亦非吾所虑也。”同拿来纸笔，让郑芝龙当面写了几封信，用以劝降郑氏军队的主要将领。而这时的郑芝龙己为砧上的任人宰割的肉，只能按照勒克德浑的要求，给自已的亲属、将领写信。让他们都到福州来投降清军。
郑成功在金门收接到郑芝龙的书信后，当即回信拒绝向清军投降，道：“今既不能匡君于难，致宗社堕地，何忍背恩求生，反颜他事乎？大人不顾大义，不念宗祠，投身虎口，事未可知。赵武、伍员之事，古人每图其大者，唯大人努力自爱，勿以成功为念。”
与郑成功同样拒绝投降清军的，还是踞守厦门中左所的郑彩，金门的郑鸿逵以及南澳的陈豹等人。但绝大多数的郑氏将领、包括郑芝豹、施天福、洪习山、黄廷、施郎等人都放下武器，带着军队，向清军投降，庞大的郑家私人军队，在旦夕之间便瓦解了。而最后总计投降清军的军队人数，竞达到了十一万三千余人，战船近六百余艘。加上清军前期在进攻江西、福建收降的南明军队，竟然一下子收降了各部明军十五万余人。
而在此期间，清军也攻占了福建的最后一地泉州府，并且还杀入了郑芝龙的老家安平，然后四处抢掠，郑芝龙纵横海上近二十年，积攒下来可以敌国的巨额财富，也被清军哄抢一空。
郑芝龙己经被清军严密看管，软禁起来，福建也几乎全都被清军占领，还掠夺到巨额财富，虽然郑家私人军队中还有少数残余势力盘据在沿海一带地区，拒不降清，但洪承畴和勒克德浑都认为现在大局己定，这少许余势也戌不了大气，因此这次自己南方之行的任务己经圆满完成了，也准备返回南京。
在动身之前，洪承畴也招集清军的主要将领，分派下一步任务。整个江西、福建、广东的军务都交由觉罗巴哈纳来付责，并且驻守福建，清剿郑氏的残余势力；由金声桓领军，驻守江西，并且配合另一路人马，进攻湖南；由尚可喜领军，进攻广东。同时把郑芝龙部下的诸将也都分派到各人部下去效力。
随后洪承畴和勒克德浑带着郑芝龙己及亲属人员，押运着掠夺来的巨额财富，并且还带了五万大军，返回南京去了。