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就在江北、江南的局势都得到了缓解以后，清军又一次向商家军在湖北地区建立的根据地发动了进攻。
尽管现在商家军的湖北根据地建立还不到三个月的时间，但发展十分迅速，特别是李岩和李牟兄弟到达麻城之后，带来了一批行政管理人员，接手了根据地内的民政管理工作，也使李定囯和九师的官兵从繁重的民政工作中解放出来，可从全心投入到训练新兵、备战清军的工作中来。
而李岩、李牟都有足够的经验，一到麻城之后，立刻把带来的行政人员分散到黄安、麻城、罗田三县的各村中去开展工作，迅速在各村中建立基层的行政系统，制定田租税率，分配田地。对各村民忿较大的地主豪强势力给予坚决的打压，而对一些欺压行为较少则网开一面，只是沒收他们的大部份田地财产，不伤害他们的性命。而少数对乡里做过些好事的地主豪强还被授予管理职务。
并且在农民中间加大了抗击清军，打击豪强，保卫家园的宣传力度，充份发动农民的积极性，组建民兵，实行村村联保。也使商家军在三县的统治基础迅速稳定下来。
同时也对俘虏的清兵进行分类处理，满人和关外的汉人做苦力，而在关內的汉族人，由其是本地区的汉族人侧实行宽大政策，尽力说服动员他们能够留下来加入商家军，共同抗击清军，保卫家园，等赶走了清军之后，保证人人有田种，都能过上平安的生活，而对想离开的人也不阻拦，立刻放行。
上一次俘虏的清军绝大部份都是本地人，而且大部份都是农民，佃户出身，商家军的宽大政策也感动了他们不少人，有一大半都愿意留下来加入商家军，也有一部份表示回家之后，领着家人一起来投奔商家军。只有一小部份人不作表态。而李定国和李岩也没有为难他们，想回去的，不管有没有理由，都让他们自由离开，同时还发给二两白银作路费，只是警告他们不要再当清兵,给满人当帮凶来打汉人。
加上投降过来的清兵，现在商家军已经招募了新军四千多人，另外还组建了民兵五千余人。实际控制的域区东到稀水、西到滠水，南抵举水中游，面积达数千平方公里，人口约有二十万。同时李定国还派出二十二团，向大别山里发展，占据了白沙关、黄土关、长岭关等大别山南北要路的重要隘口，并且准备向大别山以北的地方发展，真正实现以大别山为核心，横跨湖广、河南两省的地区。
而就在这时，阿济格派出的正蓝旗满洲梅勒额真珠玛喇，率领着清军，也来到了黄州，准备征剿盘据在这里的商家军。
真珠玛喇这次带来了一万五千清兵，其中属满八旗及三大管所属的人马有三千余众，其中包括一千名火铳兵，属汉军八旗及绿营的人马有四千余众，也有一千名火铳兵，和五十门各种火炮。包衣跟役有两千余人，其余全都是这次南征以来，收降的明军。
在南京战役中，真珠玛喇吃商家军的亏可是不少，因此他丝毫也不敢大意，到达了黄州之后，立刻招集官员以及上一战中逃回来的败军，询问上一战的详细经过，以及商家军的虚实，因为一直到现在，淸军还弄不明白，盘居在大别山的商家军到底有多少人马。
后来听说商家军居然还放回来不少人，真珠玛溂也下令把这些放回来的兵勇都招集起来询问。同时又派出一些探子，去打探商家军的虚实。但商家军到底有多少人马，在黄州谁也弄不清，因为现在谁都不敢到商家军的控制区里去。而派出去的探子有大部份都被活动，少部份虽然逃回来了，但都没有深入进去，只说商家军戒备森严，各村都组织了民兵放哨守卫，对陌生人盘查得十分仔细，而且清军中间的汉兵大多都是北方人，口音差异很大，因此想要混进去非常难。
不过根据黃州的官员、士兵、放回来的俘虏的述说，再加上真珠玛喇自己的判断，估计在湖北境内的商家军不会很多，应该在三四千左右，最多也不超过五千人。
因为按真珠玛喇的经验，一支孤军深入到敌人后方的军队想要站稳脚跟，必须要占领几个大城市才行。只有占了大城市，才能抵挡敌人的进攻，才能获得税收和补济。而这支商家军显然没有占领大城市的能力，他们明明都攻下了黄州，结果还是主动放弃了，只占据了大别山外围的几座县城，一付随时都准备逃进大别山里去的样子，这就充份说明，这支商家军的兵力并不多。
而且按放回来的清兵所说，商家军动员俘虏的士兵投降，同时还在占领区内组建民兵，这也从另一个侧面证明了真珠玛喇的猜想。招兵不就意味着兵力不足吗？
当然在这段时间里，真珠玛喇也不是光顾着打听消息，同时也在积极准备着出兵征剿的事宜，一方面是调集兵力，另一方面也在筹集钱粮物资。
由其是钱粮物资，因为在这个时候清廷的财政己经十分紧张了，南京驻扎清军的钱粮物资不仅要自己就地筹集，而且还是送一部份到北京去，居说是庆贺摄政王在一次围猎时，打中了一只白鹿，仍是祥瑞之逃。因此真珠玛喇在黄州，当然也是要自己筹集钱粮了。
而对这一点，真珠玛喇不但不觉得不好，相反还十分高兴，因为这可是个好机会，自己正好可以趁机捞一笔。因此他在到达黄州的第二天，就招集黄州府的各级官员，以及富户，下达他的第一个命令——摊派。要求每一个人都必需交纳一笔钱粮，做为对淸军的支持，当然也是对大清表示忠心。并限令十日之交齐。而且毎个县都要出兵支援，毎个大户也要出乡勇从军。
这一下这些官员和大户们可都是欲哭无泪了，上次李岩占领黄州的时候，就搞过一次摊派了，现在清军来了，怎么又弄起摊派来了呢？而且一次商家军还比较客气，摊派多少也是和众人商量，要得钱粮也是在大家的承受范围以内。而清军这一刀下得，可就比商家军狠得多了，每个人都要大放血，而且还没得商量，如果不照办那可就是通敌之罪。
商家军来打秋风，大伙还能够理解一点，因为在名议上黄州府己经是属于清军的地方，商家军是敌人，怎么做也都不过份，但沒想到自己人却更狠，因此有不少官员和大户心里都在滴估，早知道是这样，当时商家军来到黄州的时候，就应该把他们留下来，讧商家军占着黄州算了。现在到好，前步刚走了狼，后脚居然窜进来一只虎，把自己吃得连骨头都不剩了。
钱财到还好办一点，最多也就咬牙忍一忍，以后再想办法找回来就是了。但兵丁和乡勇怎么办呢？上次不是都出过了吗？要么死在战场上，要么给商家军当了俘虏，被放回来的可没有几个，再上那儿找人去呢？现在百姓们都盼着商家军打过来好分田地，分财产，谁还肯出力去打商家军呢？
当然最倒霉的是原来的蕲水县知县郑新民，商家军离开黄州的时候，他己经向省里打了辞呈，但因为蕲水县离商家军的控制区太近，因此他也不敢回县里去，就在黄州等着，沒想到真珠玛喇这一来，有一个算一个，郑新民也没有跑掉。
而且上一次商家军来时，是由他出面组织，因此这一次催缴摊派的任务，自然也是非他莫属了。但郑新民当然知道其中的差别，商家军打来，大伙是破财消灾，一致公推自己，而这一次是真珠玛喇指派自己，当然不一样，弄不好还会让人误以为自己和真珠玛喇是一伙儿。却不知道自己还不是也一样要出一份，真是里外都不是人。
可怜郑新民在蕲水县当官的时候，还是真的沒有怎么贪心不足，因此也没攒下多少积蓄，而真珠玛喇这一摊派，可把自己准备好回乡的路费也都搭进去了，但这冤枉上那里说去呢。因此郑新民心里也是叫苦不迭，但还不敢推辞，只能硬着头皮做。
不过真珠玛喇当然不会为了这个操心，十天以后一共收上来白银十二万四千七百两，粮食六万三千三百石，草料一万二千八百石，而真珠玛喇从其中至少侵吞了三成，另外还在士兵、乡勇八千余人。
真珠玛喇也十分高兴，因为他认为自己估计得很准了，商家军绝不会超过五千人，凭自己目前的兵力，绝对是有战胜商家军的把握，即然现在钱粮都已经到位了，自己也捞了不少了，正事就应该开始办了吧。
因此真珠玛喇也下令，就在四月四日出兵，征剿商家军。