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虽然现在清军实际控制南京的地区只有三成左右，但最重要的东城却被清军占领，这里包括皇城、六部、九寺、五军留守司、内府储厍等等重要的机构，还有大部官员的住所。因此阿济格一来到皇宫，就立刻下令，招集南京的所有降官，以及宫中的太监人等来见。
在除夕之变发生以后，因为在从皇宫里逃出来的官员大部官员都住在东城，因此都没来得及逃走，就被清军封锁了东城，结果逃到钟鼓楼去的，只有二十几名官员。
其实众官员从皇宫逃出之后，清军还忙着全面占领皇城，一时并没有顾及到六部九寺，绝大数的官员，其实都还来得及出逃西北区去，但南京被攻破，皇城被占领，大部份的官员都对守住南京失去了信心，同时也认为南明己经灭亡，就算商毅再抵抗下去，也是不自量力之举，挽回不了大局了。因此众官员和商家军分兵之后，以忻城伯赵之龙、保国公朱国弼两人为首，并没有让其他人立刻回家搬请家属，而是聚集众官员一起商议，投降清军，保全自已和家属的性命安全。
这个建议也立刻得到了魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、左都御史李沾等几名重要官员的极力赞礼同向清军投降，于是众人就聚集在户部府里，由赵之龙和朱国弼两人为代表，进皇城去与清军接洽投降事宜。当然也有不少官员害怕清军，躲回到自已的府里。
韩岱闻迅之后，也没有表示接纳与否，只说自己要请示英亲王阿济格，才能决定，不过却要求各官员不得妄自行动，并且准备好各种户籍、文案、府库等等名册清军，然后听候指令。
众官员听了之后，心里也都稍稍有些安心，虽然还没有见到阿济格，但屯齐的态度还算不错，至少也算是一个好的开始，因此也各回各自的衙门，招集各衙门其他官员也在报道聚集，大家一起清点人员文件、府库的物资，只等着阿济格的招见。同时又命清军把六部九寺十三衙门全都看守起来。
但打从众官员开始忙碌起，南京城中的枪炮爆炸声音就一直响个不停，显然是商家军还在与清军激战。而众官员的表情也不尽相同，有人面带冷笑，不时还说几句什么不自量力、螳臂当车之类的话；也有人面带羞愧，不住的哀声叹气；还有人面无表情，对外界的反应一概无视，装沒听见。
只有户部郎中刘成治听说众臣齐降的消息，慨然道：“国家养士三百年，难道就无一忠义之人以报朝廷？”然后持笔题壁：“钟山之气，赫赫洋洋；归于帝侧，保此冠裳。”掷笔于地，然后自缢殉国。
在南京之战开始之前，被罢职的东林众人中，黄宗羲、黄震周、方以智、陈贞慧、冒避疆等年轻一些的人员都先后离开南京，但候恂、钱谦益等老官僚不甘心就此沉寂下去，还留在南京等待时机。
不过因为候、钱二人名望颇大，赵之龙等人降清之后，立刻被人来招他们两人，一同投降。
钱谦益得知南京城破之后，也一度长吁短叹，大哭不止，爱妾柳如是曾劝他自杀殉国，以死全节，表示忠贞之心。钱谦益思索再三，终于点头同意，决定共投莲花池，那知老钱刚刚步入湖中，水湿鞋袜，立刻就缩了回来，道：“湖水太冷，不好死，等等再说……”到是柳如是反而愤然欲投湖自尽，却被钱谦益死死拉住，结果总算是两口子谁也没死戌。
不过赵之龙使人来招钱谦益投降，老钱立刻整衣出府，加入投降队伍。临走前还命家人看好柳如是，不要让她再寻短见了。另一边侯恂也带着儿子侯方域，应诏投降。
一直等到下午三时许，才有人到各部通知，命明朝的众官员去朝见阿济格。可怜众官员也都熬了一夜未眠，这时在各自的衙门是清理文件府库，有些人实在敖不住了，只能趴在桌子上打一个盹儿。听到阿济格要招见他们，谁敢不听，因此也都睡眼惺忪，赶进了皇宫。
阿济格也是在太和殿招见明朝的降官，当然现在的太和殿己经清扫了一净，而不少明朝降官心里也都生出了一夜之间，物似人非之感，昨天晚上在这里还是明朝的皇城，自己还和朱由崧一起庆贺除夕，而今天坐在这里的，却是淸廷的亲王，而自已却都变成了阶下降臣。
前来朝见阿济格的，有勋臣忻城伯赵之龙、保国公朱国弼、隆平侯张拱日、临淮侯李祖述、怀宁侯孙维城、灵璧侯汤国祚、安远侯柳祚昌、永康侯徐洪爵、定远侯邓文郁、项城伯常应俊、大兴伯邹存义、宁晋伯刘允极、南和伯方一元、东宁伯焦梦熊、洛中伯黄九鼎、成安伯郭祚永、驸马齐赞元等十七名勋爵，而文臣包括大学士王铎以外，还有大学士蔡奕琛、侍郎朱之臣、梁云构、都御史李乔，罢职的钱谦益、候恂，以及各翰、詹、科、道、部、寺五品以上的官员，还有两各太监头领王德化和卢九德带领着一干太监人负，一共有三百多人。在太和殿上，黑压压的站了一大片。
阿济格虽然脾气暴燥，但并不是不通事理的人，现在商家军依然在南京城中顽强抵抗，清军想到完全占领南京，还不知要等到什么时候，因此对这批投降的官员还是要好好安抚，以瓦解商家军的斗志，以示淸军的宽宏大量。同时也是消除江南其他各地对清军的反抗情绪。
于是阿济格也首先对众人说了几句安慰的话，表示只要是诚心投降大清，那么以前的事情一概过往不咎，并且保证众人及其家属的安全。不过要是怀有二心，假意投降，还想着复兴明室，图谋反叛后，或者是明知有人图谋不诡，依然隐情不报，甚至包庇隐瞒者，不仗一概杀无赦，而且还是满门抄决、诛连九族。
众官员也被吓得一怔一怔，听完之后，赶忙跪伏于地，一边口称大清万岁，一边纷纷表明心迹，说明自已是真心投降，决不会反复无常，同时赵之龙还表示，愿意为大清统一天下，效犬马之劳，帮助阿济格劝降其他各地的明朝官员等等。
阿济格要的就是这个效果，因此也十分满意，立刻下令，命降臣中，推举一名文釆出众者，写一份劝降顺表，以晓愉其他各地。
众降官推拥了一番之后，一致认为其中只有钱谦益的才学出众，文釆斐然，这份劝降顺表，自然是非他不可了。而钱谦益也知道这事是推不过去的，因此在谦让了一下之后，也慨然允诺。当下立刻命人铺纸研墨，而钱谦益不愧是大材子，果然文思泉涌，片刻之间更己是胸有成竹，立刻挥笔急书，洋洋洒洒数百言，一气呵成，文曰：
“自辽、金、元以来，由沙漠入主中国者，虽以有道代无道，靡不弃好而构衅，问罪以称兵；曾有以讨贼兴师、以救援奋义逐我中国不共天之贼、报我先帝不宴目之仇，雪耻除凶，高出千古如大清者乎？有肃清京阙、修治山陵，安先帝地下之英魂、臣子狱中之哀痛如大清者乎？有护持我累朝陵寝、修复我十庙宗祧，优恤其诸藩、安辑其残黎、擢用其遗臣、举行其旧政，恩深谊崇、义尽仁至如大清者乎？权奸当国，大柄旁落，初遣魏公翰而不奉词、继遣陈洪范而不报命；然后兴师问罪，犹且顿兵不进，纡回淮、泗以待一介之来。自古未有以仁礼雍容揖让如大清者也。助信佑顺，天与人归。渡大江而风伯效灵，入金陵而天日开朗。千军万马寂无人声，白叟黄童聚于朝市。三代之师，于斯见之。靖南覆辙，谁为一旅之师？故主挟归，弥崇三恪之礼。凡我藩镇督抚，谁非忠臣？谁非孝子？识天命之有归，知大事之已去；投诚归命，保亿万生灵。此仁人志士之所为，大丈夫以之自决也。幸三思而早图之！谓予不信，有如皎日。”
写完之后，赵之龙首先拍掌称好，并且当众又大声朗诵了一遍。一来钱谦益确实是大家风范，一笔文章写得是洋洋洒洒，富丽堂皇，而且骊四骈六，词藻优美，而赵之龙的诵读也是抑扬顿挫，感情丰富，也把大清的功德赫赫，渲染得淋漓尽致，义正词严,完全是一派仁义之师的架式。
因此在他读完之后，其他官员也都纷纷称好。阿济格的文化水平虽然不高，但在清廷也沒少和范文程、宁完我这些有文化的人打交道，多少也能够听懂一些，而且他身边也有汉人幕僚，又为他详细解释文中之意，也理解了钱谦益的这篇文章虽然之乎者也不少,但确实都是说的大清的好话，加上赵之龙读得也十分好听，因此心里也十分高兴，又夸赞了钱谦益几句，并立刻宣布，由钱谦益和赵之龙共同管理明朝的降官，清理府库，人员。并且拍着他们的肩膀，让他们好好的干，以后大清一定为量材录用，论功进赏。
而钱谦益和赵之龙也十分高兴，当然又带领着官员，向阿济格拜谢，随后退了下去。
一个时辰之后，钱谦益拿带统计出来的清单来见阿济格。因为各衙门的统计结果都己经出来了，只需要汇总一下就可以了，再加上钱谦益昨晚沒有熬夜，因此也充满了干劲，经过统计之后，南京各府库相加，有黄金三万余两，白银四百二十余万两、各种粮食五十余万石，其他的各种物资累计，可拆算白银有三百多万两。
看完清单之后，阿济格也十分高兴，因为他也知道，连番激战之后，清廷的国库十分空虚，这一次南征己经是免力而为。而自己一路东进，除了从李自成手上抢到十几万两白银和几万石粮食之外，其他地方都不是什么大城，因此也没有再抢到多少物资了，而在南京得到的这一笔物资也足以支撑南征继续进行下去了。这么看来多尔衮的决策还是对的，有什么比抢来钱便快呢？
但阿济格的高兴劲并没有维持太久，另外一份统计清单马上就让他笑不出来了，昨晚一战，清军一共战死了一万一千三百多人，另外还有三千四百多人受伤，总计埙失的兵力在一万五千人左右。这样的结果显然让阿济格又眉头紧锁起来。
这时清军进攻南京，集中了十五万左右的兵力，现在进城的人马约有七万，另有三万在石城门前与商家军城外的人马对持，其余人马一部份驻扎在聚宝山西边，一部份驻扎在神烈山南边的东安门前。
不过今天己经晚了，因此阿济格也决定，明天再向商家军发动进攻。