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1856年9月1日，韦昌辉赶回天京，并与秦日纲在当夜包围东王府，次日凌晨，韦昌辉突袭东王府，与秦日纲一起杀死杨秀清本人及其家属、部下；随后，又扩大事态，以清除“东党”为名，在两个月的时间里，先后杀害杨秀清部属男女2万余人，天京事变爆发。9月中旬，石达开赶回天京后，斥责韦昌辉杀人太多，韦昌辉又准备杀石达开。于是，石达开连夜逃离天京，韦昌辉则将其留京家属尽数杀害。石达开逃到安庆后，调集大军准备讨伐韦昌辉。太平天国经天京事变，力量大为削弱，清军乘机反攻，湖广首府武昌深陷湘军围困。捻军被胜保、袁甲三击败，丢了老巢雉河集，太平天国为团结捻军，封张乐行为北征主将，英桂丢了河南，咸丰震怒，把英桂免职交刑部议罪，以袁甲三代理河南巡抚，接替英桂督豫、皖、苏三省军务，主办剿捻和复豫事务。1856年10月，英、法向中国发动了第二次鸦片战争，胜保部被调回京师防御，袁甲三兵力不足，对捻军采取攻势，对魏宣武采取守势，由河南布政使瑛棨率领一部兵力集结于安徽颍川府阜阳、蒙城，毫州一线，与归德、陈州一线关保部对峙，袁甲三本人则率大队兵马剿捻。
魏宣武攻取河南全境后，以秦汉部分驻安阳、沁阳防备山西、山东清军，以关保部驻归德、陈州一线防备安徽、江苏清军，以曾顺为水军旅帅，领水军驻陕州操练，自率师部与古大力部驻洛阳、南阳、信阳，防备陕西、湖北清军。魏宣武重新任命了八府五州行政长官，省称刺史，顾嘉蘅出任首任河南刺史，副省级官员为别驾，省级管刑事治安的为提刑、管民政道路的为长史、管税务屯垦的为计税使、管钱谷器械等省库的称库大使、管人口土地的为丁地使、管稽核的为计核使、管文书的称书记使，省级称总教，管怀南出任首任河南省总教，有刺史所兼副总教一人、专职副总教一人，下设教务长、宣教长、教记长、督教长，省级三班捕快衙役一百人，其余各政教从事一百一十人；府称太守，副职称典史，府级对应省级官员为通判、通政、通税、通库、通丁地、通计、通书，府级称教士，有太守所兼副教士一人、有专职副教士一人，下设教内部门与省同，府级捕快衙役一百三十人，其余各政教从事一百五十人，州称知州，其余设置称谓与府同；县称县长，副职称县丞，县级对应府级官员为押司、押政、押税、押库、押丁地、押计、押书，县级称传教，有县长所兼副传教一人、有专职副传教一人，下设教内部门与府同，县级捕快衙役一百五十人，其余各政教从事二百人；乡称乡长，副职称乡丞，乡级官员为缉盗、仓禀、主计、理税、理屯，乡级称布教，有乡长所兼副布教一人、有专职副布教一人，下设乡教记长和乡督教长，乡级捕快十人左右，其余各政教从事一十八人；村称村长，副职称副村长，村级官员为治安、计目、管仓、屯垦、农牧，村级称行教，有村长兼副行教一人、专职副行教一人，下设村教记长，村级捕快二人，其余各政教从事十二人。
魏宣武通过长老院规定每村推代表一人、每乡从中选代表一人、每县从中选代表二人、每府从中选代表二人、每省从中选代表五人，组成立法院，专门研究制定颁布各类法律。立法院首次颁行法律为贪墨、通敌、偷盗抢劫、奸淫、杀人、掳掠、贩卖人口与鸦片均为死刑，均判秋后处斩，其余法律陆续制定颁行，都是根据罪行危害程度判处相应期限的苦役或杖责、鞭刑、游街、没收财物等，并规定实行一夫一妻制，以前已有的妻妾不问，法令颁布施行之后纳妾就是违法处五年苦役之刑。
魏宣武将省级地方部队设为制，有统制一人（兼副总教），总教一人（省总教兼），佐制一人，军刑令、军需令、粮台令、教习、参军长、教务长各一人，参军八人、教从事五人、营务帮办三人，统制、总教、佐制、参军长、教务长各配护卫一人、勤务一人，直属辎重卫一个、炮兵卫一个（洋庄炮屯一个、城防炮屯一个、劈山炮屯一个）、骑兵屯一个、护卫屯一个、火器屯一个、探子垦一个、工兵垦一个、传令什一个、仓兵什一个、骡马什一个、伙夫什一个、勤务什一个、医务什一个、兽医伍一个，下有三个辖，一制共二万二千六百五十人；府级地方部队设为辖，有提辖一人（兼副教士），教士一人（府教士兼），佐辖一人，除无营务帮办外、其余设置称谓同省制，直属骑兵屯一个、辎重屯一个、炮兵屯一个（劈山炮垦一个、城防炮垦二个），火器屯一个、护卫垦一个、传令什一个、探子什一个、骡马什一个、伙夫什一个、仓兵什一个、工兵什一个、勤务伍一个、医务二个、兽医一个，下有三个卫（州只有二个卫），一辖共六千一百人；县级地方部队设为卫，有统领一人（兼副传教），传教一人（县传教兼），佐领一人，设参军长、教务长各一人，统领以下、教务长以上各配护卫、勤务各一人，参军五人，教从事三人，直属骑兵垦一个、炮兵垦一个（配城防炮）、火器垦一个、辎重垦一个、传令什一个、探子什一个、其余直属设置同府，下有三个屯，一卫共一千五百人；乡级地方部队设屯，有屯长一人（兼副布教），布教一人（乡布教兼），佐屯一人，设参军长、教务长各一人，其余设置称谓同县卫，直属伙夫伍一个、仓兵伍一个、护卫什一个、辎重什一个、骡马伍一个、医务一人、兽医一人、传令伍一个、探子伍一个，下有二个步兵垦，一个劈山炮垦（配3门劈山炮），一屯共三百五十人；村级地方部队设垦，有垦长一人（兼副行教），行教一人（村行教兼），佐垦一人，设参军、教从事、文书、司务、医务各一人，垦长和行教各配护卫一人，垦属伙夫什一个，辎重什一个，传令伍一个，探子伍一个，长矛什两个，刀牌什两个，弩箭什一个，火器什一个，每什长均兼伍长一个，一垦共一百人。地方部队均要在驻地划地屯垦，屯垦事务由同级行政屯垦官吏管理，屯垦收成向上级仓库交四成，所留皆入同级仓库存放，仓库由行政仓官管理，地方部队保护。
魏宣武把河南省全部土地收归天道教所有，称入圣库，其中一部分作为部队屯垦土地，其余由丁地官员在核实本地人口后按丁分配，规定土地只能耕种不得买卖，人离开了土地就得交回圣库，耕种土地收成只向圣库交一成，用银钱抵交。各乡设榷场，县城设普通互市，府治县城设中型互市，省治府城设大型互市，鼓励贸易，商税为十税一。魏宣武规定盐铁硝石官办专卖，枪炮舰船矛刀箭弩等军事武器制造、金银铜矿开采冶炼、军马养殖、军服织造为官办，铁矿、煤矿等其余各种矿山开采冶炼为官私合营，其他各行各业均为民办，道路采取官府和商贾、百姓捐输各半的方式修建。魏宣武在南阳府建造币局一个，用纸张加防伪术制作太平制钱，一元合白银一钱，在河南流通。
魏宣武在县、乡、村都设置了供养院，供养无劳动能力而又无人赡养的老、幼、病、残，在省设省学一所、府设府学一所、县设县学一所、各乡、村设小学，小学设国文、数学、体育、天道教义4门课程，县学以上均开设数学、几何、地理、测绘、化学、气象、音乐、英语、德语、日语等课程。太平军各级军、政官员均分给菜园种菜，官员每家按老人、成年人、小孩%按年发给口粮，官员最低一级每月发零花钱二元制钱，每往上一级增加一元。
魏宣武设立女兵营，不限人数，均为官兵家眷，以杨冬月为女营总办，种植棉花，经营织布、印染、军服、洗涤等产业。魏宣武设火器局，以戴天德为总办，沈节为帮办，冯文彪、姚中树、辛向文为从事，与所聘洋人工程师、中国技师一起在裕州、南召、镇平、鲁山一带伏牛山中建了枪管制造厂、炮管制造厂、宣武枪（后膛枪）制造厂、宣武炮（后膛炮）制造厂、劈山炮制造厂、硝石厂、黑火药制造厂、枪弹厂、炮弹厂、枪炮模具厂、枪刺制造厂，以逃出天京的杨秀清部下匠人董拔岳为刀矛制造局总办，在开封建冷兵器厂制造刀、矛、箭、弩。又在河南舞阳、信阳、洛阳、桐柏、泌阳、许昌建铁、煤、铜矿场开采铁、煤、铜矿，在舞阳和社旗各建一个冶炼厂冶炼钢铁、青铜。以逃出天京的杨秀清部下牧马官杨宜春为牧马总办，在怀庆府建马场牧养军马，在开封成立军民情咨议局，以解韬为总办，杜裕为总教，收集国内外军、民、科技情报，收买挖掘各类人才。
魏宣武又兴修水利、新建道路、鼓励经商，在农村提倡新户入村、合村帮忙盖房或圣库拨房，一户有难、合村助之、一村有难，合乡助之，一乡有难、合县助之、一县有难、合府助之、一府有难、合省助之，县、府、省城入住均需证明或有生存门道或有保障生存的经济能力，房屋自购或向圣库购地自建，农村房屋不得买卖、农村般迁或人丁离世房屋收归圣库，城内房屋可买卖继承、无主房屋收归圣库。魏宣武还大力鼓励安置流民到河南农村落户或垦荒，规定人口达到三百户一千人以上才能成村、对人口达不到的村或召聚人口或与其他村合并，经过整合，把河南八府划分为每府辖十县以上，五个直隶州每州辖四个县以上，每县辖十个乡镇以上，每个乡镇辖二十个村以上，凡首县所有村必达六百户二千人以上，整个河南人口三千多万，不到半年，河南呈现一片欣欣向荣的景象。