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赵文华将明军的部署通过急递的形式上奏给嘉靖，嘉靖再次召见阁臣和兵部尚书杨博，商量军务。
嘉靖问道：“本兵以为督抚的谋划如何？”
杨博看了后说道：“督抚总兵，谋划还是稳妥的，陛下只要下严旨督促即可。”
对于杨博的判断，嘉靖还是赞同的，嘉靖于是说道：“内阁拟严旨，督促督抚总兵，从速进剿，若在贻误失机，朕必置之重典。”
严嵩等人赶紧领旨去办。
嘉靖的上谕通过急递很快到达赵文华的手上，赵文华一看，立即下令各督抚、总兵、巡按及百户以上军官在松江府集中，聆听嘉靖的圣训，赵文华这亲赴松江，宣读圣旨。
松江知府衙署，以南直隶巡抚唐顺之、浙江巡抚胡宗宪领衔的一众文武官吏、衣冠禽兽们在正堂列队等候，赵文华手捧圣旨，身着大红官府出现在众人面前，胡宗宪、唐顺之赶紧领着一众官吏行礼高呼：“臣等恭聆圣训。”
赵文华走到诸位官员面前，展开诏书，朗声读道，奉上谕：浙直等处文武官吏，朕以膏腴腹心之地，托之于卿等。位处要郡，任隆分阃。总貔貅之旅，执金鼓之权。不能申明斥候，谨设堤防；陷此生民，失吾骁将。迁延不战，畏懦偷安。纵蛇豕之猖狂，抑貔貅之武怒。致其侵轶，毒我生灵。责帅之文，旧章斯在；访于群议，合该严诛。惟念累分忧寄，爰申念旧，特示从轻。
尔等既当督护之权，曾乏驱攘之效。稽违诏旨，缓失师期；讫致残人，雅当责帅。尚念向于行阙，曾览奏章；沥血伸诚，省躬待罪。寻降矜宽之诏，复该赦宥之文。特示优容，以观后效。庶保君臣之分，无伤夙旧之情。屈法推恩，伫图后效。
今大兵屯于江海，艨艟集于吴越。乘拉朽摧枯之势，用应机制胜之谋。出入韬钤之略，纵横帷幄之筹。告捷献馘，狂敌殄歼；招来逋逃，惩革奸狡。若犹堕挠军谋，窘辱将领。无公忠之节，有狠戾之愆。违众任情，彼前我却。合塞群情，抵于严宪。虽宽典欲降，而众议诛戮，朕虽宽仁，亦当严法，卿等各司其职，勿纵狂寇！
赵文华宣读完圣旨，将两位巡抚和松江知府方廉、总兵、副将、参将们留下，赵文华说道：“各位，陛下的上谕，想必诸位已经听明白了吧？”
一众官员们都点点头，嘉靖的上谕，语气前所未有的严厉，对于浙直诸臣，甚至发出了合该严诛的警告，可见嘉靖对此已经愤怒之极，要是官军再次大败，嘉靖会毫不犹豫的收拾浙直的官员们，这点大家已经在圣旨中听出来了。
赵文华现在也急眼了，官军要是再次失利，别人怎么样他不知道，他赵文华屁股底下这把还没坐热的浙直总督椅子，恐怕就得换人了。
赵文华说道：“本部堂代陛下总督浙直，倭寇猖獗，官军怯弱，此不可忍也！此次战事，由唐都宪总览，敢有临阵失机者，唐都宪先斩，若是唐都宪不能斩的，械送本部堂，本部堂请王命旗牌正法！”
这次赵文华也不会手软了，要是谁敢不出死力，就是准备把他赵文华玩死啊，既然你要我死，那赵部堂肯定先送你上路。
赵文华继续说道：“本部堂坐镇苏州，为大军筹措军饷粮秣，各州县、督粮参政、兵备等，敢有推诿懈怠，贻误军机者，本部堂必严参于陛下！”
一众将领赶紧领命，赵文华将前线军务交由唐顺之指挥，自己在苏州为大军筹措粮饷，虽然赵文华没打过仗，但是他也知道兵马未动，粮草先行的道理，同时大明的军兵士卒，只要喂饱了银子，给足了酒肉，还是肯死战的。
赵文华在苏州筹措了一万两，再令松江知府方廉在松江筹措一万两，先给参战的明军每人发一两的赏银，还有酒肉米麦等物资，从浙江、南直隶两省往松江汇集。同时，赵文华以浙直总督的名义开出赏格：能生擒贼首徐海、辛五郎者，赏银一万两，给官千户，斩首者赏银五千，给官副千户。斩真倭一名，赏银十两，斩假倭一名，赏银五两，能斩首真倭三级者，给官百户。
赵文华就不信了，浙直两省，拿真金白银砸，也要把这几千倭寇砸死！
唐顺之也在上海县衙和诸将商议此战，他以令松江知府方廉下令松江府戒严，坚壁清野，来援的明军也都集中在松江府的各县城和金山卫的卫所之中，同时严令江北兵备王崇古，率兵驻节通州、海门，不准倭寇袭扰江北，漕运总兵李庭竹，统帅漕运水师和操江水师，驻节狼山、福山两岸，封锁长江，绝不让倭寇越江阴一步。
浙江总兵戚继光所统帅的浙直水师，才是此战的关键，按照唐顺之的计划，戚继光会统帅水师，从白水洋海门一侧压缩倭寇的活动范围，将倭寇往吴淞所和宝山所方向驱赶，俞大猷统帅的明军主力，就在此处设伏，等待倭寇，只要戚继光的水师能够给倭寇以足够的威慑，倭寇要么选择放弃崇明逃入大海之中。
要么就是冒险到松江抢掠一番再走，以倭寇的贪婪和狂妄，他们很可能会选择上岸再抢一把，因为这股倭寇中真倭极多，在倭寇中确实算得上战力极强的，他们也极其狂妄，认为明军没有几倍的兵力，根本不能与他们抗衡，而明军要固守各处城池，能够抽调出来的机兵不多，这也是他们敢于盘踞崇明不走的原因。
现在水师战船已经到位，所缺少的就是火炮了，一旦火炮到位，戚继光就会率所部扬帆出海，开始行动，同时唐顺之也在搜集苏松和附近的火炮，以供戚继光之用，还有火油、火箭等水战常用的装备，唐顺之对戚继光说道：“戚总戎，此战成败，全看海上了！”
戚继光赶紧起身向唐顺之行礼说道：“末将必不负陛下、部堂和都宪所托！”
一时之间，江南江北的明军水陆二师，都开始紧张的动员起来。