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天天为了学《飞雷神之术》每天忙的不可开交，而飞鸟则宅在“根”基地做研究。这次在生命源泉中亲历了生命的孕育，对飞鸟的帮助很大，无论是他擅长的医疗忍术还是一直停滞不前的创造再生术都有了新的想法。多个研究项目同时进行，第三只眼、木遁忍术、创造再生术、量产斗战丸等等。
飞鸟直接使用影分身，一边做研究，一边处理“根”的事。用影分身还是飞鸟看了鸣人的疯狂修炼才想起来的，飞鸟的《影分身之术》使用照鸣人差远了，数量和灵活度都不够，这也和他绝技较多有关，能够绝杀就没必要缠斗。直到看了那数千干劲十足的鸣人，硬生生用查克拉截断瀑布，太震撼了。
有了影分身，就不存在无暇分身，虽然比不上鸣人，十几个还是能维持很长时间的。这次飞鸟失踪时间不长，而且刚刚大战得胜，又有取根盯着，所以“根”并没有出现不稳的迹象，但毕竟大战一场，很多后续事情还要处理。
还有就是要提防“晓”，白绝不但经受住了拷问部的拷问，还成功带着飞段在木叶的情报自毁，狠狠摆了伊比喜一道。飞鸟要了一部分损坏严重的白绝尸体做研究，而飞段被肢解成六个部分封印在不同的地方，杀不死的敌人太可怕了。交由“根”保管的是飞段的躯干，本来飞鸟想要飞段的脑袋，可惜纲手交给了中山亥一所在的感知部。
飞鸟曾尝试把飞段的躯干放进《十度空间》，结果失败了，有股淡淡的力量阻止，应该是飞段信奉邪神的原因。飞鸟又分出一个影分身研究飞段的躯干，他感觉这股力量对他会有用处。
影分身开始忙碌，而飞鸟的本体则被龟贤者逆向通灵到了陆龟湖，开始反哺陆龟一族。
不过，虽然飞鸟本身查克拉足够庞大，影分身做的也都是脑力活，但没有查克拉补充，影分身维持了一段时间后，开始逐一消失。当最后一个影分身累爆了时，给飞鸟带来了一个消息。木叶暗部从大蛇丸那里得到了三尾的位置，卡卡西已经带队前往，即使不能封印三尾也绝不能让大蛇丸得到三尾。
飞鸟停下了和龟贤者的对战，开始恢复查克拉，他等的就是这个消息。意外地收了红莲做手下，飞鸟怎么能忘了和她关联的三尾。可惜飞鸟不知道三尾出现的具体时间和地点，只能等暗部情报。功夫不负有心人。
《禁术·灵化之术》
因为纲手的命令，“根”搬回了原来的基地，里间山庄又回到了八云手里。如今飞鸟不在木叶，护卫小队全员放假，红莲和牛头就寄宿在同伴八云这里。当然，这是表面的原因，真正目的是等飞鸟的命令。
灵化状态不敢落在木叶村里，怕被有心人察觉，所以飞鸟提前安排八云她们等在村外的里间山庄。此刻八云正在睡觉，她旁边还躺着一个女人，正是飞鸟让她照看的孔雀。
孔雀脑死亡后就被清志意识控制着修炼改进版《朱雀妙法》，而且清志意识因为十度空间融合重新融入飞鸟的灵魂，失去控制的孔雀身体竟然意外的和“星”融合，变的异常强大。
此前，孔雀一直是北斗在照顾，她可以顺便修习新版《朱雀妙法》，北斗跟着夏日返回星隐村后，活死人孔雀就被飞鸟暂时托付给了八云。
灵化状态的飞鸟速度奇快，很快赶到里见山庄，融入孔雀的身体，毕竟曾经用清志意识控制过一段时间，飞鸟对此一点都不陌生，感受了一下这具身体蕴含的惊人力量，缓缓睁开眼睛。
“老师？”
八云被惊醒了，看着活过来的孔雀，不确定的问。
“嗯，通知红莲和牛头，准备出发。”
“是。”
穿着睡裙的八云赶紧从床上爬起来，虽然对此时孔雀形态的飞鸟很好奇，但飞鸟说话的方式她太熟悉了。
木叶这次派出了三组人，卡卡西带领牙、志乃、雏田先行搜索，大和带着鸣人、小樱、佐井支援，静音则率领天天、小李、井野与前两组汇合，然后重新组队。静音的任务是与雏田、小樱、井野合力施展《四方封印》，探查并封印三尾。
大蛇丸一方本来会派出红莲小队，但现在红莲投靠了飞鸟，小队成员死的死、降的降，这次派出谁还是未知数，不过药师兜应该不会缺席。
不管是谁，两方肯定会有一番龙争虎斗，飞鸟四人出发的晚点也没关系，何况暗处还有一个隐藏的带土。木叶和大蛇丸的争斗只是前戏，真正能抓住三尾的是迪达拉和带土，飞鸟要对付的也是他俩。
不过，计划永远赶不上变化。
这段时间大蛇丸损失惨重，得力干将接二连三栽在飞鸟手里，这次争夺三尾领队的是上次伏击飞鸟那个能通灵巨鹰的女忍，药师兜依然隐藏在暗处。可惜，红莲的晶遁不是那么容易代替的，大蛇丸这次的手下连和木叶一行相持都做不到，几个回合就被击溃了，药师兜只好带着残余的手下在一旁捣乱，不让静音、小樱、雏田、井野四人完成封印。
有幽鬼丸这个可以影响到三尾的帮手，药师兜的干扰很有效，木叶忍者一时间拿巨鹰上的药师兜没办法，只能依靠佐井《超兽伪画》画出的鹰兽围追堵截。直到卡卡西找准机会，写轮眼发动，瞳术《神威》将巨鹰的一只翅膀送进神威空间，这场闹剧才结束。
没了飞行优势，幽鬼丸还在巨鹰失去平衡时掉了下去，最后被鸣人救起。兜已经无能为力了，光靠女忍再次通灵出来小一号鹰兽起不到多少作用，大蛇丸的行动彻底失败。
卡卡西、大和两队人护着静音四人全力封印三尾，而就在封印快要完成时，隐藏在暗处的带土突然出现在封印班最弱的井野身边。
本来施展《四方封印》对于查克拉控制就有极高的要求，井野其实已经很勉强了，结果一个惊吓，《四方封印》差点消散。但就这一个缓存，回过神的三尾发出了最强攻击，类似《尾兽玉》的光弹，破坏力惊人，《四方封印》被毁，井野昏迷，其她封印班三人也被反噬伤的不轻，木叶的行动宣告失败。
“晓”的出现是卡卡西等人没想到的，虽然只有一个，却如临大敌，不再理会三尾，全力攻击带土。带土并没有还手，只是吓得的狼狈逃窜，背后一群木叶忍者攻击，可没有一道攻击能伤到他，彷佛没有真实身体，攻击会直接穿过去。一个人戏耍一群。
“真会演。”刚刚赶到的飞鸟不由感慨。
带土现在的名字叫阿飞，但真正的阿飞其实是一个白绝，曾经配合宇智波斑一步一步将带土引向黑暗。不过带土现在还不知情，将阿飞当作唯一的伙伴。所以模仿的惟妙惟肖，连怪异的惨叫都一模一样。
“大人，那个孩子就是嘛？”红莲远远盯着幽鬼丸发怔。
“是。”
幽鬼丸的母亲曾救过红莲，但红莲迫于大蛇丸的威胁杀了幽鬼丸的母亲，这成了红莲的心结，最后干脆将这段记忆封印。但在《幻术·问心路》中，这段记忆被打开了，这才促成了红莲的投靠。
为了稳定红莲，飞鸟叫幽鬼丸的事情告诉了她。如果幽鬼丸还在兜手里，红莲会出手抢夺。不过现在幽鬼丸跟着鸣人，红莲也没打算去打扰，无颜面对。