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刚送走凯小队，红树也要离开。
红树的问题调查清了，虽然擅自离开木叶视为叛变，但红树也算事出有因，所以纲手决定既往不咎。
在大名春菜与爱奈商业会晤结束后，红树决定一起返回菜之国。倒是他那些手下决定留在木叶进修一段时间，希望能够学习医疗忍术，就算不行，学点普通的医疗知识也好，贫穷的菜之国需要治病救人的医师。
“红树，创世神教还需要你真确引导，别走歪了。”飞鸟说地很真诚，他对新生宗教的警惕相信红树能够感觉到，尤其最近飞段信仰的邪神教就是一个活生生的例子，以杀戮为祭品，光想想就不寒而栗。
“以后不会有创世神教了。”
“什么？”飞鸟不解。
“你说的对，宗教不应该高高在上，创世神教的名字不适合，以后叫凡宗了。”红树说的很郑重，“就如你之前所说的忍宗一样，帮助他人、教化一方，我们不是六道仙人那样的存在，我们只是凡人，但我们也可以用自己的力量创造幸福。”
如果说红树以前只是顺势而为，那他现在已经真的想好了。
“祝你成功！”
“不，是祝我们成功，创世神。”红树语出惊人，吓了飞鸟一跳。
“你怎么发现的？”
“和你在幻术空间聊了那么久的天，虽然模样不一样，但还是会有熟悉的感觉，这段时间你说的太多了！”红树到底是二十几岁就担任暗部队长的人物，对细节的观察很到位，“最主要是我的《神之虚影》会不自觉的相你靠近，这是从来没有过的事情。”
飞鸟没想到是这样暴露的，《神之虚影》是虚无之力组成的，而红树的虚无之力来至飞鸟的十度魔眼，所以会有感应，真是百密一疏。不过红树能够使用虚无之力也是出乎意料的，见红树没有恶意，飞鸟也虚心请教。
“作为凡宗的神，你是不是应该表示一下。”红树笑地很奸诈。
让飞鸟不得不感慨天下没有免费的午餐，被信徒要挟的“神”估计只有他了。拔出身后的尘之哀递了过去，红树已经盯了好久了。
“创世神赐下信物，第一神使红树，谢恩！”红树直接跪下接剑，搞得煞有其事。
“滚蛋！”飞鸟实在搞不懂这种2B青年的想法，“保重！”
红树离开了，把尘之哀改名尘埃剑，寓意“甘为尘埃”。
飞鸟有种预感，他又多了一个得力干将。一把冥丸留下慎太郎，一把尘之哀收了红树，这个时代对于武器的传承有着谜之信仰。说来龙大师对自己的帮助还真不小，也不知道那老头现在怎么样了。
闲杂的事情处理完毕，飞鸟开始着手改造“根”。其实“根”已经被纲手掏空了，大量研究、秘术、人员被带走，甚至连情报网也被拿走大半，如今的“根”，空有其名。
飞鸟没有选择“根”原来阴沉沉的基地，毕竟那里被太多人盯着。而是和八云商量后搬到了鞍马一族村外的里见山庄，宽敞、明亮，虽然破损了一些，但翻新一下还是很不错的地方。
所以“根”成员最近的任务就是装修新基地，也不管他们乐不乐意，反正飞鸟对进度很满意。如今飞鸟手里的“根”一共十一个上忍，四十六个中忍，还有一百二十五个分散各国的情报人员，都是经过筛选不需要收押也没法吸收到常规部队的忍者，加上飞鸟自己，和他带来的怜、空、八云，叫回来的取根，一共一百八十七人，其中战斗人员四十九人，包括取根、中山风，个个是精英。
这是一股很强大的力量，但还不足“根”全盛时期的三分之一。以前所有的资料和情报都移交给了火影直属暗部，飞鸟也乐的轻松，现在主要负责探寻“晓”组织。面对一群和他不一心的精英手下，飞鸟没什么好办法折服他们，只能先混个脸熟，走一步看一步。
好在激进分子已经被纲手剔除，这帮家伙虽然忠诚于团藏，但还有理智，飞鸟不用担心他们明着捣乱，只要还愿意为木叶出力就行。
其实团藏的阴谋，没有人比这些“根”成员更熟悉了。要不然抓捕红树为什么非要自己动手，还不惜对抗火影。不是他们不信火影，而是他们不信团藏，他们真的担心那件事是团藏做的。所以借着洗刷冤情的名义，做好了杀人灭口的准备。
现在团藏被监禁，激进分子被剔除，他们中不乏不在乎谁是领导，一心为木叶的。飞鸟要做的就是先收拢这部分人的心，所以他把取根叫了回来。
“山庄外的禁制都弄好了，接下来你打算怎么做？”
“纲手大人派了任务，调查‘晓’组织。”
“真的会调查嘛？”
取根表示怀疑，几个月来他们除了武装里见山庄就是训练配合。飞鸟自己也沉浸在教导清子、小绫和小豚中不可自拔，根本没一点要执行任务的意思。
要知道他们是忍者，以小队形式存在的高机动、侦察和打击敌人的武装力量。尤其是“根”，做的都是获取情报、暗杀偷袭的隐秘任务，这种成规模训练简直和“根”的定义背道而驰，都快成忍者学校了。
“取长补短，因材施教。砂隐村都在学习木叶培育后备忍者的方式，“根”不能固步自封了，血雾之里的教训历历在目。”
这是飞鸟的原话，取根一直在思考。他承认“根”培育新人二死一的方式有点残忍，但也不能否认抹杀情感后的忍者战力更强。
如今“根”的新人都被火影调走，剩下最小的就是八云和空了，其余都是通过团藏炼狱般试炼的，他看不出来飞鸟的方法有什么作用。
飞鸟自然也明白忍者的作战方式，但他更清楚接下来的第四次忍界大战不同以往，会以军团模式战斗。提前熟悉同伴的能力，加强合作默契，对习惯依靠个体力量的“根”成员来说很有必要。
最重要是能在彼此磨合中认清自我，只有让一个固步自封的人找到自我，才能再次提升。飞鸟为此还引进了前世军队的总结探讨制度，每天训练之后相互总结探讨，指出对方的优势与弱点。
开始，高傲的“根”成员自然不屑一顾，但前一天被人揍，第二天肯定要找回场子，即使一时找不回来也在总结会上过过嘴瘾。“如果我怎样怎样，你就怎样怎样了”之类的话越来越多，直接导致对战时的火气越来越大。
当所有手段使干净后怎么才能最有效的提升，自然是吸收别人的意见。所以，渐渐大家发现，总结好像有点用处。失败者开始进步，胜利者有了压力，直到原本的胜利者变成失败者，这种良性竞争就成了习惯。
唯一的问题是这帮“根”成员手太黑，那怕飞鸟严令禁止伤人性命，但火气上来，出手常常没有分寸，稍不留神就是杀人的招术。飞鸟不得不规定，上午集体训练，下午单人或小队对战，晚上训练总结，而对战时飞鸟必须在场。
有他这个医疗忍者在场，只要当场没死都能救活，爱怎么打怎么打。至于会不会伤感情，那太可笑了，这帮家伙本来就没啥感情可言，说不定打着打着还能有点惺惺相惜。
取根因为一身本事都在纳米级毒虫上，飞鸟暂时还解决不了，所以被限制参与对战，暂时还没感觉出“根”成员的变化。
“根”成员已经对这种训练方式认同了，开始虚心学习，看向飞鸟的眼神中也有了一丝敬重。
不止是飞鸟为他们治疗，还有每次打到收不住力时，飞鸟总会及时出手制止。要知道，连他们自己都收不住手的通常都是大绝招，但飞鸟竟然都能接住，还不伤害他们本体，这得多恐怖的实力。
“根”成员在改变，飞鸟也在这段时间也学了不少东西，而且他已经在着手编写一部《根之秘典》。记录“根”成员的秘术，思考适合他们的战法，总结出最完善的训练手册。这个工作不止飞鸟在进行，所有“根”的上忍都必须参与。就连龟贤者、火甲、水晶也被飞鸟召唤过来，陆龟一族一直没有和忍者配合的战法，这也是一个机会。
就当《根之秘典》日渐完善时，情报人员传来了消息，发现了大蛇丸的基地。其实团藏，甚至某些“根”成员都知道一些关于大蛇丸据点的情报，但他们不会和飞鸟分享。这次是情报人员直接呈送的情报。
飞鸟摸了摸眉心，十度魔眼融合完毕，已经无惧大蛇丸。
“是时候实战了。”