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然而考虑到卢宗汉新近来投、寸功未立，骤然就出任如此重要的职位必然会引起众人的不服，任思齐考虑再三，遂调任宋立本为内卫统领，卢宗汉副之，宋立本原来的镇抚司司长的职位则有陈生接任。
对于卢宗汉来说，刚来到崇明就得以担当重任，而且还是从事的老行业，不禁喜出望外。至于只是出任副职也表示理解，毕竟自己刚刚来崇明，只要自己全心全力的把内卫办起来，办好差事立下功绩，相信任思齐会大力提拔自己，到时成为正职自然不再话下。
而对于宋立本来说，从镇抚司到内卫虽然是平调，虽然内卫只是初创，人员物质啥都没有，可宋立本还是非常高兴。因为相对于镇抚司来说，内卫距离任思齐更近。而且镇抚司各种规章制度也已建立完善，在那里做官只需按部就班照章办事，实在没有什么挑战性。而内卫就不同了，它虽然名义上只是负责都督府的防卫，负责在崇明岛肃清敌方细作，可是它还有未明说的庞大职权，那就是监察崇明一系的官员，探访民间民情。这个职位几乎和朝廷的锦衣卫权力一样，只不过没有锦衣卫的抓捕刑讯之权。
任思齐在都督府拨出了一进院落，拨了几十名侍卫文吏，拨给一批经费之后，崇明内卫就悄无声息的成立了。任思齐能拨出的人力物力有限，其他的都需要宋立本和卢宗汉自己解决。招募人员，制定规章制度，在岛内众文武身边安插细作，二人忙碌了起来。卢宗汉是锦衣卫老人对情报工作无比熟稔，便负责岛内外的情报工作，主要是探查民情，在众官员身边安插细作；宋立本身为镇抚司司长，对军队更为熟悉，便负责都督府的守卫，负责查探敌方的奸细。二人分工合作，内卫虽然刚刚成立，却很快显示出它的成绩来。
根据内卫提供的情报，一大批贪赃枉法的崇明官员得到了惩处，或者降职或罚薪，情节严重者会被除以开除公职投入牢狱。
李彦直很郁闷，因为他提拔到崇明县当差的几个亲戚都被崇明县令沙福免职，就连他亲自去说情也不管用。垂头丧气的回到了都督府，又被任思齐劈头盖脸的训斥了一番，把一叠纸张摔倒了他的身上。
李彦直捡起地上散落的纸张，仔细看去，额头顿时冷汗淋漓。纸张上记录着他这些时日的言行，一切枉法之事都清清楚楚的记录在案。包括他收受贿赂为商人提供方便，接受哪些人的孝敬为他们的升职说好话，这一切都记录在纸张上。
“都督，属下罪该万死，”李彦直噗通一声跪在地上，头扎在地上身子不住的颤抖着，身为参谋司司长，他自然知道内卫成立之事，可没想到内卫刚刚成立，就查到了自己头上，难道都督他已经对自己如此不满了吗？
“彦直兄啊，”任思齐叹息着，伸手把李彦直拉起。听任思齐还喊自己为兄，李彦直的心一下子落了下来，也许事情还没那么严重。
“彦直兄，你还记不记得当初咱们在岱山初次交谈之时，当时的你是何样的慷慨激昂，谈到朝廷的弊政民间的疾苦时，你是那样的愤慨。现在怎么了，刚做了高官没多久，怎么就和朝廷官员一样了？”
任思齐痛心疾首的诉说着，李彦直羞愧的满脸通红。
“朝廷官员俸禄不高，不贪赃不足以过上体面的生活，毕竟海瑞那样清廉的人没有几个。可是咱崇明不一样啊？咱崇明的薪酬可是要比朝廷官员高得多，拿你来说吧，你身为司长，每月的薪酬是八十两银子，此外还有柴薪米面若干，如此多的收入足以养活一家老小吧，又何必再去收受别人的贿赂？哦对了，我忘了，你娶了四房小妾，家里人口较多，倒是情有可原。”任思齐调侃道。
“属下错了，我这就回去把她们打发了去。”李彦直站起身来，满脸通红的说道。
“既然娶了，就这样吧，你把她们赶走让她们以后怎么办？不过以后就别再娶了，彦直兄你也快四十了吧，女人多了身子能吃消吗，咱们崇明事业初创，咱们的大业还未见眉目，以后还有无数的事情还等着咱们去处理呢。”
任思齐说着从李彦直手中取过纸张，放进火盆中，火折闪过，纸张剧烈的燃烧了起来。
“都督......”李彦直两眼终于流下了泪水来。
看着李彦直离去的背影，任思齐脸色变幻着，李彦直的问题很多，可毕竟人才难得，参谋司司长的职位除了他恐怕没人能够胜任，所以任思齐也只能高举轻放，对他口头训诫一番。希望他以后能引以为戒吧，对于跟着自己起家的兄弟，哪一个任思齐都不希望他们没有好下场。
这次被查出问题的官员很多，毕竟岛上官员实在太多了，现在的崇明没有官吏之分，原来县里的六房司吏之类都被授予了品级，而且县下设乡里，乡正里长都成了有品级的官员，整个崇明岛有品级的官员足有数百人，其中大部分是由从扬州来的吏员充任，这些人的素质可想而知。由于查出问题的官员实在太多，任思齐也没法对他们一一惩处，只能小惩大诫，训斥罚银了事。不过根据都督府的行文，犯事的记录会纳入他们的档案，会影响他们以后的升迁，而且如果再犯的话，将会两罪并起一并处罚！
在内卫陆陆续续提供的情报下，崇明岛展开了整肃官场的整风运动，重点是肃清明朝遗留下来的不良官场习气。这场整风运动受到了满岛百姓的热烈支持，有很多的百姓主动到内卫衙门告发，告发官员的不法事，而内卫衙门则会派员协同崇明县府一同查案，只要查实，就会对犯事官员进行处理，而对告发者则会给予奖励。
也有官员如沈廷扬劝说任思齐停止整肃，毕竟现在还在战争事情，担心引起军心不稳，更担心弄得岛上人心惶惶。陈子龙却对任思齐的做法大加赞赏，他认为向那些庸碌贪婪的官员就应该及早剔除，换更有能力的上，如此崇明才能走的更远，抗清大业才会有指望！
因为是战争事情，任思齐发起的这场整肃仅限于崇明岛内，也仅限于整肃文官系统，而经过了短时间的混乱之后，崇明的官场风气为之一正，一大批庸碌的官员被拿下，换上了有能力有干劲的人，崇明官府的运作更加的有效率了起来。